Não menos de seis versões de São Francisco em Meditação de El Greco são conhecidas, cada uma com sutis variações, testemunho da fascinação duradoura que este tema teve tanto para o artista quanto para os patronos na Espanha do início do século XVII. A proliferação dessas imagens há muito intriga os estudiosos: foram encomendas privadas para indivíduos devotos ou El Greco retornou repetidamente a esse tema como uma meditação pessoal? A resposta permanece elusiva, mas a repetição fala da ressonância da pintura em um período marcado pela reforma espiritual e o culto aos santos. O momento escolhido por El Greco é de comunhão solitária: São Francisco, vestido com seu hábito áspero, olha para baixo, com as mãos unidas firmemente em torno de um crânio, um símbolo de mortalidade e a renúncia aos desejos terrenos. A luz esculpe os traços magros do santo a partir da escuridão, iluminando sua devoção ascética e a intensidade de sua vida interior.

O fundo é escasso, o mundo se afastando, de modo que apenas Francisco e sua contemplação permanecem. Ao contrário dos santos mais corpóreos de Caravaggio, o Francisco de El Greco é alongado, quase sem peso, seu anseio espiritual se torna visível na forma esticada e na pincelada tremeluzente. O crânio, o cinto de corda e os pés descalços falam dos ideais franciscanos de pobreza e humildade. As origens precisas desta versão em particular são incertas, pois os registros de sua encomenda não sobreviveram.

No entanto, foi pintada durante a última década de El Greco em Toledo, um período em que sua oficina produziu numerosas imagens devocionais para capelas privadas e colecionadores. Com o tempo, a pintura passou por várias mãos, às vezes mal atribuída devido ao número de obras semelhantes e cópias de oficina. Hoje, ela se ergue como um testemunho da visão única de El Greco na encruzilhada do Renascimento e do Manierismo, sua intensidade assombrosa não diminuída pelos séculos.