Nenhum outro artista pintou tantas versões de São Francisco como El Greco, e São Francisco e o irmão Leão meditando sobre a morte se destaca pela rara inclusão do irmão Leão, o devoto companheiro do santo. Enquanto El Greco retornou à figura de Francisco mais de uma dúzia de vezes, esta composição—datada por volta de 1600—captura um momento especialmente pessoal entre os dois frades. O clima e o foco da pintura são tão distintos que estudiosos debatem há muito tempo se foi uma encomenda privada para um patrono franciscano ou destinada a um uso devocional mais amplo.

Sua atmosfera assombrosa levou a comparações com os místicos espanhóis da mesma época, cujos escritos sobre a morte e a humildade eram amplamente lidos em Toledo. A cena se desenrola em um momento de profunda contemplação: São Francisco, magro e envolto em seu simples hábito, se ajoelha diante de um crânio—o símbolo definitivo da mortalidade—enquanto o irmão Leão, menor e mais hesitante, reza nas proximidades. Os ossos a seus pés e o fundo escuro e turbilhonante lembram ao espectador a realidade sempre presente da morte. O olhar de Francisco está fixo, suas mãos unidas com força, como se lutasse com o significado do sofrimento e a esperança da ressurreição.

A luz, caindo intensamente sobre o rosto e as mãos de Francisco, o isola de seu entorno, assim como Caravaggio faria em suas próprias obras religiosas, embora as formas alongadas e a pincelada tremulante de El Greco sejam inconfundivelmente suas. A corrente na cintura de Francisco, um sinal de penitência, e o livro aberto, provavelmente a Regra de São Francisco, completam a meditação sobre a mortalidade e a fé. A história precisa inicial desta pintura permanece incerta, como é frequentemente o caso com as obras de El Greco de seus anos em Toledo. Provavelmente, fez parte de uma coleção devocional privada, talvez em um mosteiro franciscano ou na casa de um patrono leigo inspirado pelo apelo à piedade da Contra-Reforma.

Ao longo dos séculos, a atribuição da pintura nunca foi seriamente questionada, graças ao seu estilo inconfundível e motivos recorrentes. Hoje, São Francisco e o irmão Leão meditando sobre a morte é reconhecido como um exemplo chave da visão religiosa tardia de El Greco, um momento em que sua arte se tornou cada vez mais introspectiva e expressiva, destacando-se do naturalismo de seus contemporâneos italianos. Seu lar atual está em uma importante coleção europeia, onde continua a convidar os espectadores para seu mundo silencioso e inquietante.