Im späten 16. Jahrhundert malte El Greco mindestens fünf Versionen von St. Franziskus, der die Stigmata empfängt, jede mit subtilen Unterschieden, die sowohl die Beliebtheit des Themas als auch die rastlose Experimentierfreude des Künstlers widerspiegeln.

Die Geschichte von Franziskus' wunderbaren Wunden—Zeichen der Passion Christi—hatte die Vorstellungskraft von Künstlern über Jahrhunderte hinweg beflügelt, doch El Grecos Faszination war ungewöhnlich nachhaltig. Diese spezielle Version aus dem Jahr 1590 gehört zu den frühesten, die nach der Ankunft des Künstlers in Spanien entstand, während er seinen unverwechselbaren Stil entwickelte. Die Wiederholung des Themas deutet entweder auf eine anhaltende Nachfrage von Mäzenen oder auf eine tiefe persönliche Resonanz für den Maler hin, dessen eigene spirituelle Intensität wohl bekannt war. Hier fängt El Greco den genauen Moment ein, als, der Tradition zufolge, Franziskus von Assisi, der 1224 auf dem Monte La Verna betet, von einer seraphischen Vision getroffen wird und die Stigmata empfängt.

Der Heilige kniet in einer felsigen Landschaft, die Arme geöffnet, die Augen zu einem Lichtblitz oben erhoben—wo ein geflügelter, gekreuzigter Christus erscheint. Die langgestreckte Figur, die wirbelnden Draperien und der flackernde Pinselstrich ziehen den Betrachter in das Drama des Moments hinein. Der Schädel zu Füßen Franziskus' erinnert an die Sterblichkeit, während das raue Habit und das geknotete Seil sein Gelübde der Armut signalisieren.

Im Gegensatz zu den ruhigen, ausgewogenen Kompositionen von Giovanni Bellini's Behandlungen desselben Themas ist El Grecos Version von Bewegung und spiritueller Dringlichkeit durchzogen. Die genaue Geschichte des Auftrags für dieses Gemälde bleibt ungewiss, wie es oft bei El Grecos frühen spanischen Werken der Fall war. Es bildete wahrscheinlich einen Teil einer privaten Andachtskollektion, die den Schwerpunkt der Gegenreformation auf persönliche Frömmigkeit widerspiegelt. Im Laufe der Jahrhunderte wurde die Zuschreibung des Gemäldes nie ernsthaft in Frage gestellt, dank seines unverwechselbaren Stils: der säurehaltigen Palette, den langgestreckten Formen, dem flammenartigen Licht.

Heute wird diese Version von St. Franziskus, der die Stigmata empfängt als ein Schlüsselbeispiel für El Grecos frühe toledanische Periode anerkannt, die seine venezianische Ausbildung mit dem visionären Stil verbindet, der seine späteren Jahre prägen sollte.