A finales del siglo XVI, El Greco pintó al menos cinco versiones de San Francisco recibiendo los estigmas, cada una con sutiles diferencias, reflejando tanto la popularidad del tema como la inquieta experimentación del artista. La historia de las heridas milagrosas de San Francisco—marcas de la Pasión de Cristo—había inspirado la imaginación de los artistas durante siglos, pero la fascinación de El Greco fue inusualmente sostenida. Esta versión en particular de 1590 se encuentra entre las más tempranas, creada tras la llegada del artista a España, mientras forjaba su estilo distintivo.

La repetición del tema sugiere una demanda persistente por parte de los mecenas o una profunda resonancia personal para el pintor, cuya propia intensidad espiritual era bien conocida. Aquí, El Greco captura el instante preciso en que, según la tradición, San Francisco de Asís, orando en el Monte La Verna en 1224, es golpeado por una visión serafica y recibe los estigmas. El santo se arrodilla en un paisaje rocoso, con los brazos abiertos y los ojos levantados hacia una explosión de luz arriba—donde aparece un Cristo crucificado alado. La figura alargada, la drapería en movimiento y la pincelada titilante atraen al espectador hacia el drama del momento.

El cráneo a los pies de Francisco es un recordatorio de la mortalidad, mientras que el hábito áspero y la cuerda anudada señalan su voto de pobreza. A diferencia de las composiciones calmadas y equilibradas de los tratamientos del mismo tema por Giovanni Bellini, la versión de El Greco está cargada de movimiento y urgencia espiritual. La historia exacta de la comisión de esta pintura sigue siendo incierta, como solía ocurrir con las primeras obras españolas de El Greco. Es probable que formara parte de una colección devocional privada, reflejando el énfasis de la Contrarreforma en la piedad personal.

A lo largo de los siglos, la atribución de la pintura nunca fue seriamente cuestionada, gracias a su estilo inconfundible: la paleta ácida, las formas alargadas, la luz similar a una llama. Hoy en día, esta versión de San Francisco recibiendo los estigmas es reconocida como un ejemplo clave del temprano período toledano de El Greco, que une su formación veneciana y el estilo visionario que definiría sus años posteriores.