Alla fine del XVI secolo, El Greco dipinse almeno cinque versioni di San Francesco che riceve gli stigmi, ognuna con sottili differenze, riflettendo sia la popolarità del soggetto sia l'inquieta sperimentazione dell'artista. La storia delle ferite miracolose di San Francesco—segni della Passione di Cristo—aveva alimentato l'immaginazione degli artisti per secoli, ma la fascinazione di El Greco era insolitamente sostenuta. Questa particolare versione del 1590 è tra le più antiche, creata dopo l'arrivo dell'artista in Spagna, mentre forgiava il suo stile distintivo.

La ripetizione del tema suggerisce una domanda persistente da parte dei mecenati o una profonda risonanza personale per il pittore, la cui intensità spirituale era ben nota. Qui, El Greco cattura l'istante preciso in cui, secondo la tradizione, San Francesco d'Assisi, pregando sul Monte La Verna nel 1224, viene colpito da una visione serafica e riceve gli stigmi. Il santo è in ginocchio in un paesaggio roccioso, con le braccia aperte e gli occhi rivolti verso un'esplosione di luce sopra—dove appare un Cristo crocifisso alato. La figura allungata, le drappeggiature vorticosi e la pennellata tremolante attirano lo spettatore nel dramma del momento.

Il teschio ai piedi di Francesco è un promemoria della mortalità, mentre l'abito ruvido e la corda annodata segnalano il suo voto di povertà. A differenza delle composizioni calme ed equilibrate dei trattamenti dello stesso soggetto da parte di Giovanni Bellini, la versione di El Greco è carica di movimento e urgenza spirituale. La storia esatta della commissione di questo dipinto rimane incerta, come spesso accadeva con le prime opere spagnole di El Greco. Probabilmente faceva parte di una collezione devozionale privata, riflettendo l'enfasi della Controriforma sulla pietà personale.

Nel corso dei secoli, l'attribuzione del dipinto non è mai stata seriamente messa in discussione, grazie al suo stile inconfondibile: la palette acida, le forme allungate, la luce simile a una fiamma. Oggi, questa versione di San Francesco che riceve gli stigmi è riconosciuta come un esempio chiave del primo periodo toledano di El Greco, che collega la sua formazione veneziana allo stile visionario che avrebbe definito i suoi anni successivi.