À la fin du XVIe siècle, El Greco a peint au moins cinq versions de Saint François recevant les stigmates, chacune avec des différences subtiles, reflétant à la fois la popularité du sujet et l'expérimentation incessante de l'artiste. L'histoire des blessures miraculeuses de Saint François—marques de la Passion du Christ—avait enflammé l'imagination des artistes pendant des siècles, mais la fascination de El Greco était d'une rare constance. Cette version particulière de 1590 fait partie des plus anciennes, créée après l'arrivée de l'artiste en Espagne, alors qu'il forgeait son style distinctif.

La répétition du thème suggère soit une demande persistante de la part des mécènes, soit une profonde résonance personnelle pour le peintre, dont l'intensité spirituelle était bien connue. Ici, El Greco capture l'instant précis où, selon la tradition, Saint François d'Assise, priant sur le Mont La Verna en 1224, est frappé par une vision séraphique et reçoit les stigmates. Le saint est à genoux dans un paysage rocheux, les bras ouverts, les yeux levés vers une explosion de lumière au-dessus—où apparaît un Christ crucifié ailé. La figure allongée, les drapés tourbillonnants et le coup de pinceau scintillant attirent le spectateur dans le drame du moment.

Le crâne aux pieds de François rappelle la mortalité, tandis que l'habit rugueux et la corde nouée signalent son vœu de pauvreté. Contrairement aux compositions calmes et équilibrées des traitements du même sujet par Giovanni Bellini, la version de El Greco est chargée de mouvement et d'urgence spirituelle. L'histoire exacte de la commande de cette peinture reste incertaine, comme c'était souvent le cas avec les premières œuvres espagnoles de El Greco. Elle a probablement fait partie d'une collection dévotionnelle privée, reflétant l'accent mis par la Contre-Réforme sur la piété personnelle.

Au fil des siècles, l'attribution de la peinture n'a jamais été sérieusement remise en question, grâce à son style inconfondable : la palette acide, les formes allongées, la lumière semblable à une flamme. Aujourd'hui, cette version de Saint François recevant les stigmates est reconnue comme un exemple clé de la période toledane précoce de El Greco, reliant sa formation vénitienne au style visionnaire qui définirait ses années ultérieures.