Ningún otro pintor regresó tan a menudo a la figura solitaria de San Francisco como El Greco, produciendo más de una docena de variaciones a lo largo de su carrera. Esta persistente fascinación ha llevado a los estudiosos a preguntarse si el artista, nacido como Domenikos Theotokopoulos, vio en el santo un espejo para su propia búsqueda espiritual. La versión pintada en 1590 se destaca por su intensidad y contención, despojándose de detalles narrativos para centrarse en un único momento de devoción interna.

La procedencia de la obra antes del siglo XIX sigue siendo incierta, lo que añade un misterio silencioso que rodea sus orígenes. San Francisco se arrodilla ante un simple crucifijo de madera, con las manos entrelazadas en oración, sus ojos elevados en comunión silenciosa. El pintor elige no representar el drama de recibir los estigmas, sino el silencio que sigue: una pausa llena de anhelo y asombro. El áspero hábito de Francisco se representa con rápidas y luminosas pinceladas, los pliegues capturando la luz sobrenatural que cae desde arriba.

El cráneo a su lado, un memento mori, recuerda a los espectadores la mortalidad y la renuncia a las cosas terrenales. A diferencia de la serena dorada de Giovanni Bellini en San Francisco en el desierto, la visión de El Greco es austera, casi ascética, con formas alargadas y una paleta de grises fríos y ahumados. La historia temprana de la pintura es oscura, típica de muchas obras de El Greco de sus años en Toledo, cuando trabajó tanto para órdenes religiosas como para patrocinadores privados. Aunque se desconoce la comisión original, la escala íntima de la pintura sugiere que estaba destinada a la devoción privada en lugar de a la exhibición pública.

A lo largo de los siglos, ha pasado por varias manos, a veces atribuida a asistentes del taller o imitadores, antes de que el consenso la devolviera a El Greco mismo. Hoy en día, San Francisco en oración ante un crucifijo es reconocido como un hito del estilo maduro del artista, un testimonio de su singular mezcla de color veneciano y misticismo español.