Pocas pinturas de El Greco han suscitado tanto debate entre los académicos como La Virgen y el Niño con Santa Ana. Si bien la comisión exacta sigue siendo incierta, la obra es notable por su raro tema en la producción del artista y por la existencia de al menos otra versión, que se encuentra ahora en el Museo del Prado. La energía turbulenta de la pintura y las figuras alargadas han llevado a algunos a especular que estaba destinada a la devoción privada en lugar de a la exhibición pública.

Su composición inusual y la interacción tierna, casi teatral, entre las figuras la han convertido en un punto de referencia para las discusiones sobre el estilo maduro de El Greco alrededor de 1600. En el corazón de la escena, Santa Ana, la madre de la Virgen María, se sienta protectora detrás de su hija y del Niño Cristo. El Greco elige un momento de contacto íntimo: la mano de Ana reposa suavemente sobre el hombro de María, mientras María se inclina hacia adelante, presentando al niño Jesús al espectador. El trío está encerrado en un abrazo triangular, con sus formas alargadas y gestos expresivos, típicos del período tardío de El Greco.

La drapeada en espiral y la luz etérea centran la atención en el Niño Cristo, que levanta su mano en bendición. A diferencia de la famosa La Virgen y el Niño con Santa Ana de Leonardo, que enfatiza la complejidad psicológica, la versión de El Greco se centra en la inmediatez espiritual y el vínculo místico entre generaciones. El recorrido de esta pintura a través de la historia no está completamente documentado, pero se acuerda generalmente que fue creada durante los años prolíficos de El Greco en Toledo, alrededor de 1600. Su estilo refleja la manera tardía del artista, cuando sus figuras se alargaron más y sus colores se volvieron más audaces.

La procedencia de la pintura antes de ingresar al sistema museístico moderno es incierta, un destino común para muchas obras de El Greco que fueron producidas para mecenas locales o instituciones religiosas en España. Hoy, La Virgen y el Niño con Santa Ana se erige como un testimonio de la visión única del artista, que une la tradición bizantina y las alturas expresivas del Renacimiento español.