Peu de sujets ont fasciné El Greco autant que la figure solitaire de Saint Jérôme, et il est revenu à ce thème encore et encore tout au long de sa carrière ; au moins six versions sont connues, chacune avec son propre humeur et sa palette. La persistance de ce thème reflète non seulement la dévotion personnelle du peintre, mais aussi la popularité de Jérôme en tant que modèle de pénitence et de savoir à la fin du XVIe siècle en Espagne. La date exacte et la commande de ce Saint Jérôme en Pénitence particulier restent incertaines, mais son style et son intensité émotionnelle le placent parmi les œuvres matures que El Greco a peintes à Tolède, où il a vécu de 1577 jusqu'à sa mort en 1614. Dans cette peinture, Saint Jérôme est saisi dans un moment de profonde lutte spirituelle, agenouillé dans la solitude avec une pierre serrée dans sa main, prêt à se frapper la poitrine dans un geste de repentance.

La robe rouge du cardinal drapée sur son corps émacié signale son statut de Docteur de l'Église, tandis que le livre ouvert et le crâne à ses côtés rappellent au spectateur les réalisations académiques de Jérôme et sa méditation constante sur la mortalité. Le ciel orageux et la lumière vacillante, si caractéristiques de El Greco, intensifient le sens du drame et du tourment intérieur. Contrairement aux compositions sereines, presque architecturales de Leonardo da Vinci ou Dürer lorsqu'ils représentent Jérôme, la vision de El Greco est toute en énergie agitée et en feu spirituel. L'histoire précoce de la peinture est obscure, typique de nombreuses œuvres de El Greco dont les archives ont été perdues ou jamais conservées.

Elle a probablement orné une chapelle privée ou une cellule monastique, servant de point focal pour la méditation. Au fil des siècles, alors que les goûts changeaient et que la réputation de El Greco diminuait puis se redressait, des œuvres comme celle-ci ont passé par diverses mains — parfois mal attribuées, parfois négligées. Aujourd'hui, Saint Jérôme en Pénitence se dresse comme un témoignage de la vision unique de l'artiste et de sa capacité à fusionner la couleur vénitienne avec le mysticisme espagnol, assurant sa place en tant que figure singulière à la croisée de la Renaissance et de la Contre-Réforme.