Pocos temas fascinaron a El Greco tanto como la figura solitaria de San Jerónimo, y a lo largo de su carrera volvió a ella una y otra vez; se conocen al menos seis versiones, cada una con su propio estado de ánimo y paleta. La persistencia de este tema refleja no solo la devoción personal del pintor, sino también la popularidad de Jerónimo como modelo de penitencia y erudición en la España del siglo XVI. La fecha exacta y la comisión de este particular San Jerónimo en Penitencia siguen siendo inciertas, pero su estilo e intensidad emocional lo sitúan entre las obras maduras que El Greco pintó en Toledo, donde vivió desde 1577 hasta su muerte en 1614. En esta pintura, San Jerónimo es capturado en un momento de profunda lucha espiritual, arrodillado en la soledad con una piedra aferrada en su mano, listo para golpearse el pecho en un gesto de arrepentimiento.

La túnica roja del cardenal que se drapea sobre su cuerpo demacrado señala su estatus como Doctor de la Iglesia, mientras que el libro abierto y el cráneo a su lado recuerdan al espectador los logros académicos de Jerónimo y su constante meditación sobre la mortalidad. El cielo tormentoso y la luz parpadeante, tan característicos de El Greco, intensifican la sensación de drama y agitación interna. A diferencia de las composiciones serenas, casi arquitectónicas de Leonardo da Vinci o Dürer al representar a Jerónimo, la visión de El Greco está llena de energía inquieta y fuego espiritual. La historia temprana de la pintura es oscura, algo típico de muchas obras de El Greco cuyos registros se perdieron o nunca se conservaron.

Es probable que adornara una capilla privada o una celda monástica, sirviendo como un foco para la meditación. A lo largo de los siglos, a medida que cambiaban los gustos y la reputación de El Greco disminuía y luego se recuperaba, obras como esta pasaron por diversas manos, a veces mal atribuidas, a veces descuidadas. Hoy en día, San Jerónimo en Penitencia se erige como un testimonio de la visión única del artista y su capacidad para fusionar el color veneciano con el misticismo español, asegurando su lugar como una figura singular en la encrucijada del Renacimiento y la Contrarreforma.