Pochi soggetti affascinarono El Greco tanto quanto la figura solitaria di San Girolamo, e lui vi tornò ripetutamente nel corso della sua carriera; sono conosciute almeno sei versioni, ognuna con il proprio umore e palette. La persistenza di questo tema riflette non solo la devozione personale del pittore, ma anche la popolarità di Girolamo come modello di penitenza e erudizione nella Spagna della fine del XVI secolo. La data esatta e il committente di questo particolare San Girolamo in Penitenza rimangono incerti, ma il suo stile e l'intensità emotiva lo collocano tra le opere mature che El Greco dipinse a Toledo, dove visse dal 1577 fino alla sua morte nel 1614. In questo dipinto, San Girolamo è colto in un momento di profonda lotta spirituale, inginocchiato nella solitudine con una pietra stretta nella mano, pronto a colpirsi il petto in un gesto di pentimento.

La veste rossa del cardinale drappeggiata sul suo corpo emaciato segnala il suo status di Dottore della Chiesa, mentre il libro aperto e il teschio al suo fianco ricordano allo spettatore le conquiste accademiche di Girolamo e la sua costante meditazione sulla mortalità. Il cielo tempestoso e la luce tremolante, così caratteristici di El Greco, intensificano il senso di dramma e tumulto interiore. A differenza delle composizioni serene, quasi architettoniche di Leonardo da Vinci o Dürer quando rappresentano Girolamo, la visione di El Greco è tutta energia inquieta e fuoco spirituale. La storia precoce del dipinto è oscura, tipica di molte opere di El Greco i cui registri sono andati persi o non sono mai stati conservati.

Probabilmente adornava una cappella privata o una cella monastica, servendo come punto focale per la meditazione. Nel corso dei secoli, mentre i gusti cambiavano e la reputazione di El Greco diminuiva e poi si riprendeva, opere come questa passarono di mano in mano — a volte mal attribuite, a volte trascurate. Oggi, San Girolamo in Penitenza si erge come un testimone della visione unica dell'artista e della sua capacità di fondere il colore veneziano con il misticismo spagnolo, assicurando il suo posto come figura singolare all'incrocio tra il Rinascimento e la Controriforma.