Poucos temas fascinaram El Greco tanto quanto a figura solitária de São Jerônimo, e ele retornou a ela repetidamente ao longo de sua carreira; pelo menos seis versões são conhecidas, cada uma com seu próprio humor e paleta. A persistência desse tema reflete não apenas a devoção pessoal do pintor, mas também a popularidade de Jerônimo como modelo de penitência e erudição na Espanha do final do século XVI. A data exata e a comissão deste particular São Jerônimo em Penitência permanecem incertas, mas seu estilo e intensidade emocional o colocam entre as obras maduras que El Greco pintou em Toledo, onde viveu de 1577 até sua morte em 1614. Nesta pintura, São Jerônimo é capturado em um momento de profunda luta espiritual, ajoelhado na solidão com uma pedra apertada em sua mão, prestes a se golpear no peito em um gesto de arrependimento.

A túnica vermelha do cardeal que se drapeia sobre seu corpo emagrecido sinaliza seu status como Doutor da Igreja, enquanto o livro aberto e o crânio ao seu lado lembram ao espectador as conquistas acadêmicas de Jerônimo e sua constante meditação sobre a mortalidade. O céu tempestuoso e a luz tremeluzente, tão característicos de El Greco, aumentam a sensação de drama e agitação interna. Ao contrário das composições serenas, quase arquitetônicas de Leonardo da Vinci ou Dürer ao representar Jerônimo, a visão de El Greco é toda energia inquieta e fogo espiritual. A história inicial da pintura é obscura, típica de muitas obras de El Greco cujos registros foram perdidos ou nunca foram mantidos.

É provável que tenha adornado uma capela privada ou uma cela monástica, servindo como um foco para a meditação. Ao longo dos séculos, à medida que os gostos mudaram e a reputação de El Greco diminuiu e depois se recuperou, obras como esta passaram por várias mãos — às vezes mal atribuídas, às vezes negligenciadas. Hoje, São Jerônimo em Penitência se ergue como um testemunho da visão única do artista e sua capacidade de fundir a cor veneziana com o misticismo espanhol, garantindo seu lugar como uma figura singular na encruzilhada do Renascimento e da Contrarreforma.