Au centre de la longue table, Jésus-Christ est assis dans un calme isolement, sa main droite ouverte sur la table et sa gauche levée, encadrée par la lumière du paysage lointain entrevu à travers trois fenêtres derrière lui. Les douze apôtres sont disposés en quatre groupes de trois de chaque côté, chaque figure réagissant avec des gestes et des expressions distincts au moment où Jésus annonce que l'un d'eux le trahira. La lumière vient de la gauche, illuminant les figures et projetant des ombres douces, tandis que la palette de couleurs est dominée par des bleus froids et des tons chauds de terre, avec la robe de Jésus en rouge et bleu vifs au centre.

La surface de la peinture révèle des zones d'usure et de restauration, avec des fissures visibles et des passages fanés, cependant, la clarté de la composition et les lignes expressives des figures restent frappantes. Les lignes de perspective du plafond et des murs convergent vers la tête du Christ, renforçant son rôle central et organisant la scène avec une précision mathématique. À l'extrême gauche de la table, une figure en vert et bleu se penche en avant avec les deux mains sur la table, son visage tourné vers le groupe à côté de lui.

Sur le bord droit, deux figures en robes pâles sont engagées dans une conversation, l'une gesticulant vers l'autre avec les deux mains. La table est dressée avec des morceaux de pain éparpillés, de petites assiettes et des tasses en céramique bleu et blanc, avec un long tissu blanc drapé sur le bord avant et de fines rayures verticales visibles dans le tissu. La Cène a été créée par Leonard de Vinci dans les années 1490 pour le réfectoire du Couvent de Santa Maria delle Grazie à Milan. La technique de la peinture, utilisant de la tempera sur du gesso, a permis des révisions régulières mais a contribué à sa fragilité et à l'importante restauration qu'elle a subie.