Quando El Greco dipinse Cristo in preghiera nel 1596, si trovava nel mezzo di un impulso creativo che lo portò a tornare ancora e ancora alla figura di Cristo solo nel Getsemani. Almeno cinque versioni di questo soggetto di El Greco sono sopravvissute, ognuna con sottili differenze, che riflettono sia l'inquieta sperimentazione dell'artista sia il fervore devozionale dei suoi mecenati a Toledo. Questo dipinto si distingue per la sua intensa composizione verticale e la quasi carica elettrica del suo colore, che in seguito ispirerà artisti così diversi come Manet e Picasso.

La ripetuta revisione di questo tema suggerisce che avesse un significato speciale per El Greco, forse come meditazione privata sulla sofferenza e sulla speranza. La scena è ambientata nel Giardino del Getsemani, la notte prima della Crocifissione. Cristo, isolato dai suoi discepoli addormentati, si inginocchia su uno spuntone roccioso, con le mani unite in una preghiera disperata. Sopra di lui, un raggio di luce soprannaturale attraversa il cielo tempestoso, illuminando il suo volto pallido e le pieghe delle sue vesti blu e rosa.

L'angelo che porta il calice fluttua al margine della visione, simboleggiando sia l'agonia che Cristo deve sopportare sia la promessa di redenzione. A differenza di Bellini o Mantegna, che riempiono le loro scene di Getsemani di dettagli narrativi, El Greco riduce la storia al suo nucleo emotivo: la lotta silenziosa tra paura e obbedienza, resa in pennellate vorticosi e colori ultraterreni. Il patrocinatore esatto di questa versione rimane incerto, anche se probabilmente fu commissionata per devozione privata da un membro dell'élite di Toledo. Nel corso dei secoli, Cristo in preghiera è passato attraverso varie mani, e la sua attribuzione a El Greco è stata talvolta messa in discussione a causa di repliche di bottega e copie successive.

Oggi è riconosciuto come un'opera autentica del periodo maturo dell'artista, una testimonianza della sua visione singolare e della sua intensità spirituale. Il viaggio del dipinto riflette il destino di molte opere di El Greco: inizialmente apprezzate, poi trascurate e infine restaurate alla ribalta come punto di riferimento del Rinascimento spagnolo.