Soldati armati a cavallo e a piedi si muovono attraverso un villaggio coperto di neve, mentre gruppi di contadini vengono affrontati, perquisiti e i loro beni sequestrati in mezzo al paesaggio invernale. Pieter Bruegel il Vecchio colloca il massacro biblico degli Innocenti in un villaggio fiammingo del XVI secolo, con contadini fiamminghi e truppe spagnole che riempiono la piazza e le strade. L'ambientazione invernale del dipinto, con la neve che ricopre i tetti e il suolo, ricorda il rigido inverno del 1564-65, che ispirò anche Bruegel in I cacciatori nella neve.

La scena originale del massacro è stata successivamente ridipinta, sostituendo i bambini morti con sacchi, barili e generi alimentari, dopo che l'imperatore Rodolfo II acquisì l'opera e si oppose al suo contenuto grafico. Questa è l'unica versione di Il massacro degli innocenti attribuita a Bruegel il Vecchio, e un esame tecnico alla fine del XX secolo ha rivelato l'estensione del ridipingere. Il dipinto appartiene al Rinascimento del Nord, fondendo la narrativa religiosa con un paesaggio dettagliato e un commento politico contemporaneo.