All'inizio del XVII secolo, El Greco dipinse diverse visioni di San Francesco d'Assisi, ma La Visione della Torcia Fiammeggiante di San Francesco si distingue per il suo soggetto raro ed enigmatico. A differenza delle scene più familiari del santo che riceve gli stigmi, qui Francesco è rapito da una torcia ardente — un motivo che ha confuso studiosi per secoli. Non esiste una fonte testuale diretta che descriva questa visione, e alcuni storici dell'arte hanno ipotizzato che possa riflettere una meditazione personale di El Greco sull'illuminazione spirituale.

L'iconografia misteriosa del dipinto continua a ispirare dibattiti: la torcia è un simbolo dell'amore divino o un riferimento al fervore ardente di Francesco? Il momento catturato da El Greco è di attenzione rapita: San Francesco, vestito con un umile abito marrone, si inginocchia in un paesaggio roccioso, il suo sguardo fisso sulla fiamma soprannaturale davanti a lui. La torcia, sollevata da un angelo o sospesa miracolosamente, illumina il volto di Francesco con una luce ultraterrena, separandolo dalla terra in ombra. Le mani del santo sono unite in preghiera e la sua espressione è di meraviglia e abbandono, suggerendo una rivelazione privata.

Questo differisce notevolmente dalle drammatiche ferite e dagli ospiti celesti visti nei famosi affreschi di Giotto su Francesco; El Greco isola invece il santo e la fiamma, concentrandosi sull'incontro solitario tra il desiderio umano e il fuoco divino. La provenienza di La Visione della Torcia Fiammeggiante di San Francesco non è completamente documentata, ma appartiene a un gruppo di soggetti francescani che El Greco dipinse durante i suoi anni di maturità a Toledo, intorno al 1600. Queste opere furono probabilmente commissionate da mecenati monastici locali, riflettendo i profondi legami francescani della città.

Nel corso del tempo, il dipinto è passato attraverso varie collezioni private ed ecclesiastiche, e il suo medium — che sia olio su tela o su tavola — rimane incerto a causa della mancanza di registrazioni antiche. Oggi è riconosciuto come un esempio straordinario dello stile tardivo di El Greco, con le sue forme allungate e i colori luminosi, e si erge come testimonianza della sua fascinazione per la vita interiore dei santi.