No início de 1600, El Greco pintou pelo menos cinco versões conhecidas de São Francisco recebendo os estigmas, cada uma com sutis diferenças, refletindo sua fascinação pelo momento místico em que se acreditava que o santo havia recebido as feridas de Cristo. A versão de 1605 se destaca por sua intensidade e drama, capturando um tema que cativou a imaginação de patronos e espectadores espanhóis. Esse retorno repetido a São Francisco não é apenas um exercício artístico; reflete o foco renovado da Contra-Reforma na piedade pessoal e na experiência milagrosa, temas que ressoaram profundamente em Toledo, onde El Greco viveu e trabalhou.

A proliferação dessas imagens também fala da demanda entre ordens religiosas e colecionadores privados por representações de santos em estados de êxtase divino. A pintura captura o momento no Monte La Verna em 1224, quando, segundo a lenda, São Francisco se ajoelhou em oração e foi atingido por uma visão de um Cristo serafim, imprimindo as feridas da Crucificação em seu próprio corpo. Nas mãos de El Greco, a figura magra de Francisco é iluminada por uma luz sobrenatural, suas mãos levantadas em admiração e entrega enquanto raios descem dos céus. O áspero hábito marrom, a corda amarrada e o crânio a seus pés apontam para a humildade de Francisco e sua contemplação da mortalidade.

A forma alongada, quase espectral, do santo, uma marca registrada de El Greco, intensifica a sensação de fervor espiritual, diferenciando esta obra, por exemplo, do tratamento mais terreno e sereno do mesmo tema por Giovanni Bellini. Aqui, o sobrenatural não é apenas sugerido, mas encenado na pintura, com nuvens giratórias e pinceladas cintilantes transmitindo o drama do encontro divino. Embora o patrono preciso desta versão permaneça incerto, São Francisco recebendo os estigmas foi provavelmente criada para uma capela privada ou um mosteiro franciscano em Toledo, onde El Greco havia estabelecido sua reputação como o principal pintor da cidade. A jornada da pintura ao longo dos séculos não está totalmente documentada, mas seu estilo e tema a colocam firmemente dentro do período maduro do artista, quando sua visão única atingiu seu auge.

Hoje, é reconhecida como um exemplo quintessential da obra tardia de El Greco, sua espiritualidade assombrosa emblemática da escola maneirista espanhola. A presença contínua da pintura em coleções importantes atesta seu poder duradouro e a fascinação que exerce sobre espectadores, estudiosos e colecionadores.