All'inizio del 1600, El Greco dipinse almeno cinque versioni conosciute di San Francesco che riceve gli stigmi, ognuna con sottili differenze, riflettendo la sua fascinazione per il momento mistico in cui si credeva che il santo avesse ricevuto le ferite di Cristo. La versione del 1605 si distingue per la sua intensità e drammaticità, catturando un soggetto che aveva affascinato l'immaginazione di mecenati e spettatori spagnoli. Questo ritorno ripetuto a San Francesco non è solo un esercizio artistico; rispecchia il rinnovato focus della Controriforma sulla pietà personale e sull'esperienza miracolosa, temi che risuonavano profondamente a Toledo, dove El Greco visse e lavorò.

La proliferazione di queste immagini parla anche della domanda tra ordini religiosi e collezionisti privati per rappresentazioni di santi in stati di estasi divina. Il dipinto cattura il momento sul Monte La Verna nel 1224, quando, secondo la leggenda, San Francesco si inginocchiò in preghiera e fu colpito da una visione di un Cristo serafico, imprimendo le ferite della Crocifissione sul suo stesso corpo. Nelle mani di El Greco, la figura emaciata di Francesco è illuminata da una luce ultraterrena, con le mani sollevate in stupore e resa mentre raggi scendono dal cielo. L'aspera veste marrone, la corda annodata e il teschio ai suoi piedi indicano tutti l'umiltà di Francesco e la sua contemplazione della mortalità.

La forma allungata, quasi spettrale, del santo, un marchio distintivo di El Greco, intensifica il senso di fervore spirituale, distinguendo quest'opera, ad esempio, dal trattamento più terreno e sereno dello stesso soggetto da parte di Giovanni Bellini. Qui, il soprannaturale non è semplicemente suggerito, ma rappresentato nella pittura, con nuvole vorticosi e pennellate tremolanti che trasmettono il dramma dell'incontro divino. Sebbene il patrono preciso di questa versione rimanga incerto, San Francesco che riceve gli stigmi è stata probabilmente creata per una cappella privata o un monastero francescano a Toledo, dove El Greco aveva stabilito la sua reputazione come il principale pittore della città. Il percorso del dipinto nel corso dei secoli non è completamente documentato, ma il suo stile e soggetto lo collocano fermamente all'interno del periodo maturo dell'artista, quando la sua visione unica raggiunse il suo apice.

Oggi è riconosciuto come un esempio quintessential dell'opera tardiva di El Greco, la sua spiritualità inquietante emblematica della scuola manierista spagnola. La presenza continua del dipinto in collezioni importanti attesta il suo potere duraturo e la fascinazione che esercita su spettatori, studiosi e collezionisti.