Ningún otro tema aparece con más frecuencia en las manos de El Greco que San Francisco, y entre estos, sus versiones de San Francisco Recibiendo los Estigmas son especialmente numerosas, testimonio tanto de la fascinación del artista como del hambre espiritual de sus mecenas. La historia detrás de estas pinturas está arraigada en un evento milagroso que se dice ocurrió en 1224, cuando Francisco de Asís, orando en el Monte La Verna, recibió heridas que reflejaban las de Cristo. Aunque la fecha exacta y la comisión de esta versión particular siguen siendo inciertas, su existencia entre muchas otras señala el atractivo duradero de la experiencia mística de Francisco tanto para los coleccionistas españoles como para la devoción de la Contrarreforma. En esta pintura, El Greco captura el mismo instante en que la visión serafica atraviesa a Francisco con los estigmas: el santo, demacrado y con ojos desorbitados, se arrodilla en un desierto rocoso, con las manos levantadas en asombro mientras rayos de luz sobrenatural descienden sobre él.

El áspero hábito, la cuerda anudada y el cráneo a sus pies evocan humildad y meditación sobre la mortalidad. El fondo se disuelve en una tormenta de color y pinceladas titilantes, una firma del estilo tardío de El Greco, que distingue su visión de los tratamientos más contenidos de artistas como Giovanni Bellini. Aquí, el drama no reside en el detalle narrativo, sino en la intensidad espiritual, con la forma alargada de Francisco y su rostro luminoso atrayendo al espectador hacia el misterio. La historia física de esta pintura es elusiva; como muchas de las obras de El Greco, probablemente se originó en Toledo, donde el artista pasó sus últimas décadas.

Sin un mecenas documentado o una procedencia temprana, se erige como un ejemplo de las imágenes devocionales que llenaron las capillas españolas y las colecciones privadas durante finales del siglo XVI y principios del XVII. Con el tiempo, las atribuciones de las pinturas de San Francisco de El Greco han cambiado, ya que su taller a menudo producía múltiples versiones para clientes ansiosos. Hoy en día, el lugar de esta pintura en la obra del artista está asegurado, reflejando tanto la demanda de imágenes franciscanas como la visión única de El Greco, una que sigue intrigando a académicos y visitantes por igual.