Nessun altro soggetto appare più spesso nelle mani di El Greco di San Francesco, e tra questi, le sue versioni di San Francesco che riceve gli stigmi sono particolarmente numerose, testimonianza sia della fascinazione dell'artista che della sete spirituale dei suoi mecenati. La storia dietro questi dipinti è radicata in un evento miracoloso che si dice sia avvenuto nel 1224, quando Francesco d'Assisi, pregando sul Monte La Verna, ricevette ferite che rispecchiavano quelle di Cristo. Sebbene la data esatta e la commissione di questa particolare versione rimangano incerte, la sua esistenza tra molte altre segnala l'attrattiva duratura dell'esperienza mistica di Francesco sia per i collezionisti spagnoli che per la devozione della Controriforma. In questo dipinto, El Greco cattura l'istante in cui la visione serafica trafigge Francesco con gli stigmi: il santo, emaciato e con gli occhi sbarrati, si inginocchia in un deserto roccioso, le mani alzate in ammirazione mentre raggi di luce soprannaturale scendono su di lui.

L'abito ruvido, la corda annodata e il teschio ai suoi piedi evocano umiltà e meditazione sulla mortalità. Lo sfondo si dissolve in una tempesta di colori e pennellate tremolanti, una firma dello stile tardo di El Greco, che distingue la sua visione dai trattamenti più contenuti di artisti come Giovanni Bellini. Qui, il dramma non risiede nei dettagli narrativi, ma nell'intensità spirituale, con la forma allungata di Francesco e il suo volto luminoso che attirano lo spettatore nel mistero. La storia fisica di questo dipinto è elusiva; come molte opere di El Greco, probabilmente ha avuto origine a Toledo, dove l'artista trascorse i suoi ultimi decenni.

Senza un mecenate documentato o una provenienza precoce, si erge come un esempio delle immagini devozionali che riempivano le cappelle spagnole e le collezioni private alla fine del XVI secolo e all'inizio del XVII secolo. Nel corso del tempo, le attribuzioni dei dipinti di San Francesco di El Greco sono cambiate, poiché il suo atelier spesso produceva più versioni per clienti desiderosi. Oggi, il posto di questo dipinto nell'opera dell'artista è sicuro, riflettendo sia la domanda di immagini francescane che la visione unica di El Greco, una che continua a intrigare studiosi e visitatori allo stesso modo.