Nell'ultima decade della sua vita, El Greco tornò ripetutamente alla figura di San Francesco, dipingendo almeno una mezza dozzina di versioni, ognuna con sottili variazioni, ognuna aspramente dibattuta dagli studiosi. Questa tela del 1610 si distingue per la sua inquietante immediatezza, spogliando gli sfondi elaborati e i gesti delle opere precedenti. La fascinazione dell'artista per il santo era condivisa dai suoi mecenati a Toledo, dove la spiritualità francescana era al suo apice, e la domanda per tali immagini era forte.

Tuttavia, nonostante la sua popolarità, le circostanze precise della commissione di questo dipinto rimangono sconosciute, un mistero che continua a intrigare gli storici dell'arte. San Francesco è colto in un momento di preghiera silenziosa, il suo volto emaciato illuminato contro un profondo vuoto, quasi nero. Tiene un teschio tra le mani, un memento mori netto che ricorda agli spettatori la mortalità e il leggendario abbraccio della povertà e della morte del santo. L'abito marrone ruvido, dipinto con rapide e nervose pennellate, parla della rinuncia di Francesco ai beni terreni, mentre lo sguardo verso l'alto suggerisce una visione appena fuori portata.

A differenza dei santi sereni e idealizzati di Murillo o Zurbarán, il Francesco di El Greco è inquieto, la sua forma allungata e la luce tremolante richiamano l'intensità spirituale che ha definito la Controriforma. Il percorso di questo particolare dipinto è meno documentato rispetto ad alcune delle principali opere d'altare di El Greco, ma il suo stile e soggetto lo collocano fermamente nel suo tardo periodo toledano, quando il suo laboratorio era prolifico nella produzione di immagini devozionali per collezionisti privati e chiese. Nel tempo, molte di queste pitture di San Francesco sono state disperse in tutta la Spagna e l'Europa, a volte confuse tra loro a causa delle loro somiglianze. Oggi, questa versione è riconosciuta come una delle più personali e ridotte, una testimonianza della visione singolare di El Greco nei suoi ultimi anni.

Ora è appesa al Museo del Prado, dove invita gli spettatori a contemplare il confine scomodo tra il terreno e il divino.