Nell'anno 1224, Francesco d'Assisi si ritirò sul Monte La Verna, dove, dopo quaranta giorni di digiuno e preghiera, si dice che abbia ricevuto gli stigmi—le ferite miracolose di Cristo—mentre era in estasi in una visione. Questo straordinario evento, una pietra miliare della leggenda francescana, divenne un soggetto preferito per gli artisti in tutta Europa, ma pochi lo affrontarono con il fervore e l'intensità di El Greco. Entro il 1600, El Greco aveva dipinto diverse versioni di San Francesco che riceve gli stigmi, ognuna delle quali riflette la sua personale visione spirituale e l'appello della Controriforma a un'esperienza religiosa diretta ed emotiva. Qui, El Greco cattura l'istante preciso in cui il Cristo serafico appare nel cielo, inviando raggi di luce che segnano le mani, i piedi e il fianco di Francesco.

Il santo è in ginocchio su un terreno roccioso, il suo volto sollevato in stupore e angoscia, il suo ruvido abito marrone reso in pieghe contorte, quasi come fiamme. Il paesaggio è scarno e battuto dal vento, intensificando il senso di isolamento e incontro divino. A differenza dell'approccio più narrativo di Giotto alla stessa scena, El Greco si concentra sul dramma psicologico: la figura allungata di Francesco, la luce innaturale e le nuvole vorticosi servono ad attrarre lo spettatore nella visione estatica del santo.

Il teschio al suo fianco è un brusco promemoria della mortalità, mentre il crocifisso e il libro suggeriscono contemplazione e fede. Il percorso preciso di questo particolare San Francesco che riceve gli stigmi rimane incerto, poiché El Greco e il suo laboratorio produssero molteplici trattamenti del soggetto per la devozione privata e i patroni francescani. Sebbene il medium non sia sempre chiaramente registrato, la maggior parte delle sue opere di questo periodo sono oli su tela. Oggi, versioni di questa composizione possono essere trovate in collezioni da Madrid a Chicago, ognuna con la mano inconfondibile dell'artista.

Dipinta durante gli anni maturi di El Greco a Toledo, quest'opera si erge come un testimone della sua unica miscela di colore veneziano, misticismo bizantino e spiritualità spagnola—qualità che lo distinguono dai suoi contemporanei e continuano a affascinare gli spettatori secoli dopo.