Quando El Greco dipinse L'agonia nel giardino intorno al 1590, era già conosciuto per tornare a questa scena ripetutamente; sono note almeno cinque versioni della sua mano che sono sopravvissute. Questa persistente fascinazione suggerisce una risonanza personale o spirituale più profonda per l'artista, che lavorava a Toledo in quel momento, lontano dalla sua Creta natale. La data del dipinto lo colloca sulla soglia dello stile maturo di El Greco, dove le sue figure iniziarono a allungarsi e a vorticosi con un dramma che lo distingue dai suoi contemporanei spagnoli.

Il soggetto, la notte di angoscia di Cristo sul Monte degli Ulivi, era un favorito nella Spagna della fine del XVI secolo, riflettendo l'intenso clima religioso dell'epoca. In questa versione, El Greco cattura il momento preciso in cui Cristo, isolato nella preghiera, riceve la coppa del destino dall'angelo, mentre i suoi discepoli—Pietro, Giacomo e Giovanni—dormono profondamente in primo piano. La composizione è carica di movimento: il volto rivolto di Cristo e le braccia tese formano una diagonale che attira lo sguardo verso il cielo, mentre la presenza luminosa dell'angelo contrasta con l'oscurità sottostante. Gli apostoli addormentati, resi in toni freddi e ombrosi, sottolineano la solitudine di Cristo e il peso del suo imminente sacrificio.

A differenza degli arrangiamenti calmi ed equilibrati di Giovanni Bellini o Andrea Mantegna sullo stesso tema, le figure di El Greco si torcono e si allungano, le loro forme si dissolvono in luce e colore soprannaturali, enfatizzando la crisi spirituale al centro della storia. La storia precoce di questa particolare Agonia nel giardino rimane incerta; non c'è alcun incarico originale o proprietario precoce documentato in modo sicuro, un destino comune per diverse opere di El Greco di questo periodo. Ciò che è chiaro è che lo stile del dipinto segna un punto di svolta: il coraggioso tratto di pennello e la palette visionaria segnalano la rottura di El Greco con il Manierismo italiano e il suo abbraccio a un misticismo spagnolo unico. Oggi, versioni di questo soggetto di El Greco possono essere trovate in importanti musei in tutta Europa e America, ognuna testimoniando l'inquieta sperimentazione dell'artista.

Il dipinto si erge sia come un testamento della sua tecnica in evoluzione che come una finestra sulle ansie spirituali della sua epoca.