Lorsque Raphaël quitta Florence pour Rome en 1508, il abandonna un retable inachevé qui deviendrait une énigme pour les historiens de l'art : Madonna du Baldacchino. Cette peinture est le seul grand retable de la Madonna et de l'Enfant que Raphaël commença à Florence, et son état inachevé a suscité des siècles de spéculations. Commandée pour la chapelle de la famille Dei dans l'église Santo Spirito de Florence, l'œuvre fut laissée de côté lorsque Raphaël fut convoqué par le Pape Jules II, un tournant qui lancerait sa carrière romaine.

Des artistes ultérieurs, dont Fra Bartolommeo, furent appelés à terminer ou restaurer des parties de la peinture, brouillant les frontières entre la main de Raphaël et celle des autres. Au centre, la Madonna est assise en trône sous un grand baldacchino vert et doré, tenant l'Enfant Christ, qui se tourne affectueusement vers le jeune Saint Jean-Baptiste. Les saints Pierre et Bernard flanquent le trône, leurs gestes guidant le regard du spectateur vers le haut. La composition luxuriante et symétrique et le placement rythmique des anges au-dessus rappellent l'équilibre et la sérénité de la période florentine de Raphaël, tandis que le riche cadre architectural signale l'influence de son étude de Fra Bartolommeo.

Contrairement à la plus intime Madonna du Pré de Raphaël, ici les figures sacrées sont élevées et monumentales, leur présence amplifiée par la grandeur architecturale. Après son abandon, Madonna du Baldacchino resta à Florence, passant par plusieurs mains et subissant des interventions d'artistes ultérieurs. Au XVIIe siècle, elle fut acquise par la famille Médicis et installée au Palais Pitti, où elle réside aujourd'hui. La section inférieure inachevée de la peinture et les changements visibles dans l'exécution en ont fait un point de référence pour les débats sur les méthodes de travail de Raphaël et la nature collaborative des ateliers de la Renaissance.

En tant qu'objet, elle relie les expériences florentines juvéniles de Raphaël au style mûr qu'il développerait à Rome, offrant un rare aperçu d'un moment de transition pour l'artiste et pour l'art de la Renaissance lui-même.